Pour tenter de préserver toutes les émotions ressenties durant cette longue tournée, une vidéo et un enregistrement live en double compact disque, "Dies Irae" (jour de colère) sortent en janvier 94. Cela clôt un cycle et fait figure de point d'orgue de ces années de "colère" noire des quatre bordelais.
Passés maîtres dans l'art d'enchaîner les périodes d'excès et de repos, les membres de Noir Désir vont volontairement se disperser et prendre quelques distances les uns par rapport aux autres. Le guitariste Serge Teyssot-Gay, sort un album solo en 96. Bertrand Cantat tente une nouvelle fois de retrouver sa voix; et Frédéric Vidalenc, le bassiste se détourne officiellement du groupe et s'en va.
S'inscrivant dans le prolongement du travail commencé avec "Du ciment sous les plaines", le nouvel album au titre énigmatique, "666.667 Club" est publié en novembre 96.
Le plus grand groupe de rock français (avec un nouveau bassiste, Jean Paul Roy) fait donc sa rentrée avec 13 nouveaux titres. Pourtant toujours de la même facture, avec ce son si propre aux Bordelais, les chansons incendiaires et sombres ne font que confirmer, le talent indubitable du groupe, fidèle à sa morale rock. En février 97, ils jouent deux soirs de suite au Zénith à Paris où ils expriment une nouvelle fois, leur rage débridée. Il enchaîne ensuite sur une tournée triomphante à travers la France. De passage à Toulon dans le sud de la France, ville gérée par des élus d'extrême droite, le groupe Noir Désir anime avec des associations locales, un forum de résistance à ce courant politique. Ils invitent aussi durant leur concert le groupe de rap Assassin, qui n'avait pu jusque là jouer dans cette ville, suite à des pressions de la municipalité. La prise de position politique du groupe bordelais est claire, même si leurs textes ne sont pas directement explicites.
Leur engagement politique et social les amène aussi à organiser une manifestation "Un jour à Bordeaux" qui attire plus de 30.000 jeunes. Sur l'esplanade d'une gare désaffectée, a lieu un maxi concert en juin 97, regroupant le plus populaire des groupes de rock avec une quinzaine de formations musicales de la région. Une soixantaine d'organisations humanitaires, mais aussi de lutte contre le racisme et l'extrême droite sont conviées et participent à cette grande rencontre. Dans la même lignée, le groupe est au Bataclan le 13 octobre pour un concert au profit de la scolarisation dans les pays du Sud.
Le 20 février 98, le groupe reçoit la double Victoire de la Musique du Meilleur groupe de l'année et de la Meilleure Chanson avec "L'homme pressé". Mais peu favorable à ce type de cérémonie, le groupe ne voit pas l'intérêt d'être présent à la soirée.
En juin 98, deux des membres de Noir désir (Bertrand et Serge) accompagné de leur saxophoniste hongrois, Akosh Szlevenyi dit Akosh S., se rendent à Marseille pour rencontrer cinq groupes locaux. C'est la seconde fois qu'ils prennent une telle initiative sur l'invitation d'associations. Discussions, confrontations, propositions, ces rencontres sont un vrai travail d'échange sur les motivations et les problèmes que peuvent rencontrer les groupes de rock aujourd'hui. Bertrand Cantat réitère cette expérience en avril 99 à l'Institut d'Etudes Politiques de Bordeaux, invité par les élèves.
Année après année, le soutien du groupe à de nombreux combats ne cesse de se confirmer. On les trouve entre autres avec le GISTI (Groupe d'Information et de soutien aux Immigrés) sur un concert le 7 avril 99 au cours duquel le groupe chante "Working Class hero" de John Lennon. En 2001, les Noir Désir sont aux côtés de ceux qui luttent pour le Tibet au sein de l'album "Tibet libre". Le 15 juillet, ils participent à Vienne à un concert pour les réfugiés. Enfin, ils apparaissent aussi sur des compilations peu médiatisées telles "Enragez-vous" ou "Quai 213" qui toutes, mêlent politique et musique.



